Het principe van een magnetron is er op gebaseerd dat watermoleculen in trilling worden gebracht. Door het trillen van de watermoleculen warmt het voedsel op. Een magnetron zendt radiogolven uit op een frequentie van 2,45 GHz met een vermogen van 100 - 1300 W. Vanwege de golflengte van de radiogolven worden deze ook aangeduid met de term microgolven. De frequentie van de microgolven is zo gekozen omdat dit een resonatiefrequentie (trillingsfrequentie) van water is. De indringdiepte van de microgolven is beperkt tot enkele centimers. Het voedsel wordt dus wel van binnenuit, maar niet altijd vanuit de kern, opgewarmd, zoals veel wordt beweerd.
De gebruikte microgolven kunnen ook jou opwarmen, denk daarbij vooral aan je ogen. Om de radiostralen in de magnetron te houden is de volledige kast van metaal en is het raampje voorzien van een metalen gaas. Op deze manier zit de radiostralen gevangen in een zogenaamde kooi van Faraday. Om het lekken van stralen te voorkomen, is het dus zaak om de sluiting van het deurtje goed schoon te houden. Om deze reden werkt de magnetron ook niet met een geopend deurtje.
Volgens mij zijn wij het enige land ter wereld dat de magnetron heeft vernoemd naar het onderdeel dat de microgolven opwekt. De rest van de wereld heeft het over de golven zelf. In België heet de magnetron dan ook microgolf, in Engelse landen microwave en in Duitsland microwelle.
De magnetron is dus eigenlijk het onderdeel dat de microgolven uitzendt. De eerste magnetrons werden gebruikt in radarinstallaties in de Tweede Wereld Oorlog. In een magnetron laat men een elektrische stroom lopen. Met twee sterke magneten wordt een magnetisch veld opgewekt dat loodrecht staat op het elektrisch veld, waardoor een constante stroom van microgolven de magnetron verlaat.
De keukenmagnetron is per toeval ontdekt door de Engelsman Percy LeBaron Spencer. Deze merkte dat een chocoladereep in zijn zak begon te smelten toen hij bij een radar stond. Op 7 december 1945 heeft hij vervolgens patent op het idee achter de keukenmagnetron aangevraagd.